Der er et rigt dyreliv i Danmark, og arter som rådyr, harer, ræve og grævlinge er almindelige. Fugle som fasaner, agerhøns og ænder er også almindeligt forekommende i landet. Ud over disse dyr er Danmark hjemsted for en række padder og krybdyr, herunder frøer, tudser, vandsalamander og øgler. Danmarks kystvande er hjemsted for en række forskellige marine arter, bl.a. sæler, marsvin og delfiner.
Danmark er et vigtigt mellemlandingssted for trækfugle, og der er udpeget en række internationalt vigtige fugleområder i landet. Disse omfatter vådområderne i Vestjylland, de øen Fur og Stevnshalvøen. Danmark har også en række naturreservater, som beskytter vigtige levesteder og arter.
Den danske regering har forpligtet sig til at øge mængden af naturbeskyttet jord, og i øjeblikket er ca. 5 % af landet udpeget som naturbeskyttelsesområder. Dette omfatter nationalparker, naturreservater og andre beskyttede områder. Regeringen politik er at øge dette tal til 7 % inden 2020.
En af de vigtigste naturbeskyttelsesorganisationer i Danmark er Dansk Ornitologisk Forening (DOF), som blev grundlagt i 1896. DOF arbejder for at beskytte fugle og deres levesteder og udfører forskning om fugle i Danmark.